En frente de la ermita, se encuentra la entrada a “Las Catacumbas”, la palabra viene de Kata: profundo y cumba: tumba, nos indica que se trata de un cementerio subterráneo similar al de Roma. Este espacio en la roca fue excavado después de la muerte de Saint-Emilion ante el auge que estaba cogiendo la región en cuanto a la población. Los enterramientos que podemos contemplar corresponden con la época en que se levanto la iglesia monolítica, en el siglo XII.

El interior del templo, esta formado por una enorme cúpula tallada en un enorme pozo, esta soportada por tres enormes columnas que recuerda la tumba de Cristo en el Santo Sepulcro de Jerusalén. Sobre la cúpula esta decorada con relieves de tres hombres esculpidos, donde con largos brazos simbolizan la resurrección de los muertos. La luz que surge del pozo a modo de linterna simboliza el camino hacia el cielo. Los triángulos en la base del pozo simbolizan las diferentes etapas para acceder al purgatorio.

En este cementerio se enterraban dos clases de personas: primeramente, los miembros meritorios de la comunidad monástica y, por otra parte, los nobles del pueblo, cuyas tumbas son las que están mejor decoradas; hay una parte dedicada a los niños recién nacidos, cuyas pequeñas tumbas se han excavado en las paredes.