La Ermita de Saint-Emilion, se encuentra situada en la parte baja de la anterior Capilla; constituye el monumento más antiguo de la ciudad. Allí vivió el santo durante sus últimos diecisiete años de su vida, entre el año 750 y 767, haciendo una vida de eremita.

El santo llego a la zona procedente de Vannes (Bretaña), donde era el intendente del conde de la ciudad. Se cuenta que se dedicaba a robar en las cocinas del castillo para distribuirlo entre los pobres de la zona. Esto llegó a los oídos del conde que decidió investigar los hechos que le contaban. Fue sorprendido y le pidió que le mostrase lo que escondía debajo de su abrigo. Cuando enseño lo que portaba, un milagro transformo el pan en leña. Esto le genero una gran leyenda pero decidió exiliarse hacia el sur de Francia. De camino paró en la abadía benedictina de Saujon, cerca de Royan, donde se hizo a sí mismo benedictino.

Llego a la región y se instalo entre las cuevas subterráneas, donde vivió como ermitaño hasta que se incorporaron unos discípulos y motivo la fundación del pueblo. Entre sus actividades era la plantación de los viñedos y el tratamiento del vino.

El interior de la ermita es una gruta donde hay una fuente protegida por una balaustrada que era utilizada para hacer el rito del bautismo. En el lado contrario esta otra balaustrada que protege donde se encontraba la cama de piedra de Saint-Emilion. Al lado, esta la roca escavada que constituía la silla de piedra dedicada a la meditación del santo. La tradición atribuye a dicha roca la propiedad de si una mujer se sienta sobre ella, en pocos meses quedara embarazada. Un pequeño altar con una escultura reciente (1946) de Saint-Emilion.