En 1369 el único lugar de culto de toda la isla era la pequeña iglesia rural de sa Tanca Vella dedicada a la veneración de San Valero, construida por mandato del Arzobispo de Tarragona.

En el siglo XVIII se vio la necesidad de dotar al municipio de un lugar de culto un poco mayor iniciándose en 1726 la construcción de la Iglesia de San Francisco Javier. Fue construida en colaboración de todo el pueblo y de acuerdo con el tipo de construcción habitual en las islas ibicencas; los robustos muros son de mampostería de piedra caliza y mortero de cal, y revocada con cal.

Eran malos tiempos por las incursiones piratas de la isla, y debido a ello, influyó en el diseño con carecer defensivo de la puerta, protegida por un hueco vertical para lanzar objetos contra los asaltantes y hecha de madera acorazada mediante planchas de hierro de “tres quintales y tres libras”, según se mencionan el los libros de la iglesia.

Su interior de una sola nave con varias capillas laterales para aprovechar el aligeramiento de las paredes laterales dedicadas a la veneración de la virgen de Fátima, la Virgen del Carmen, y Jesucristo, a su derecha una única capilla mayor o capilla honda dedicada a sacristía. La bóveda es de cañón como en la mayoría de las iglesias pitiusas.

La espadaña es rectangular en armonía con la fachada, la casa rectoral se encuentra situada encima de la nave.

Durante la visita del Obispo Abad y la Sierra describió el retablo de la capilla mayor dedicado a San Francisco Javier, Santo Tomás de Aquino y San Ignacio de Loyola, Fue destruido durante la guerra civil española. El retablo actual procede del Monasterio de las Religiosas de Clausura de Ibiza.

En la actualidad la iglesia se integra dentro de la plaza Mayor del casco urbano de Sant Francesc Xavier protegida por olivos centenarios.