La universidad fue fundada en tiempo del rey Dinis el 1 de marzo de 1290 que aprueba el llamado “Estatuto General”. Posteriormente, se produjo la bula del papa Nicolás IV el 9 de agosto del mismo año declarando todas las facultades como “licitas”: Cánones, Leyes, Medicina, Arte. Excepto la de Teología que fue creada en 1380 pues hasta esa fecha solamente la Universidad de París podía impartir esa cátedra.

Durante los primero años de su existencia la sede de la Universidad portuguesa sufrió diferentes cambios de Lisboa a Coimbra y viceversa. En 1308 se produjo el primer traslado, porque los estudiantes y vecinos provocaban alborotos, y Lisboa no era sede adecuada, en la misma corte de Portugal.

El rey Dinis creo numerosos privilegios tanto para profesores, y estudiantes, imitando la jurisdicción de otras universidades europeas. El rey nombró dos conservadores para Coimbra, los pleitos entre escolares y personas ajenas a la universidad serían competencia de estos conservadores,

A la muerte del rey Dinis, su heredero Alfonso IV confirmó, en términos generales, todos los privilegios del estudio que tenían por su padre o por el papa, y ratificó esta jurisdicción. Solicitó de Juan XXII que dispensara a los escolares de residencia en sus beneficios por cinco años –el tiempo que duraba su carrera–.

Pedro I al subir al trono confirmo nuevamente todos los privilegios, cartas y mercedes reales, usos y costumbres a los rectores, doctores, maestros y escolares; concedió de nuevo seguro regio al barrio de los estudiantes.

Al llegar al trono el nuevo rey D. Fernando, nuevamente la universidad vuelve a solicitar en 1367, la confirmación de sus privilegios y cartas; el monarca acepta, incluso reproduce los principales documentos. En 1368 el nuevo conservador jura su cargo en presencia de la congregación escolar y los santos evangelios, que será fiel al rey y su derecho, cumplirá y hará cumplir los privilegios y libertades de la universidad.

Quedaba ya establecida una justicia, atribuida al conservador, nombrado por el rey a petición del rector, doctores y escolares. Sus competencias se atribuyen a causas criminales y civiles, entre todos los miembros de la comunidad escolar. En los pleitos internos, entre escolares, los familiares de los estudiantes y los oficiales del estudio.

En 1577 se estableció definitivamente la Universidad en la ciudad de Coimbra como decisión del rey João III, al mismo tiempo, se produjo en el campus una amplia reforma. Fueron creados varios Colegios Mayores como el de las Artes, San Pablo, San Pedro, que incluían: enseñanza, internado y asistencia.

Durante el reinado de D. José se produce en Portugal el movimiento que recibe el nombre de “absolutismo esclarecido”, fue el protagonista de una amplia reforma universitaria protagonizada por el Marqués de Pompal nombrado “Visitador” de la universidad junto con el rector de inspiración reformista D. Francisco de Lemos. Se cambian los estatutos el 29 de septiembre de 1772, los jesuitas son expulsados de la universidad, utilizándose sus dependencias para la creación de nuevas facultades.

En el siglo XIX se produce en la universidad profundos cambios de origen conservador, que son sucedidos por otros movimientos más dinamistas que intentan una gran reforma frente al gobierno. Entre 1860 y 1910 –se promulga la Republica– y se producen numerosos cambios y movimientos académicos de gran significación.

Con la llegada de la Republica, el Estado apuesta por la democratización interna de la enseñanza, patrocino la creación de otras universidades en las ciudades de Lisboa o Oporto. Deja de funcionar la facultad de Teología y se crea la de las Letras. Las facultades de Matemáticas y Filosofía se fusionaron creando la Facultad de Ciencias. También fue inaugurada la Escuela de Farmacia y la Escuela Superior.

Durante la dictadura militar la universidad sufrió un importante retroceso que afecto también a la arquitectura antigua, sufriendo una amputación numerosos edificios renacentistas y manuelinos.

Ya no es hasta la década de los 70 cuando se moderniza la universidad, creando la facultad de Economía y se inauguraron nuevas universidades en las ciudades de Évora, Averiro y Braga.

En la actualidad la universidad dispone de ocho facultades: Letras, Derecho, Medicina, Ciencia y Tecnología, Farmacia, Psicología y Ciencias de la Educación.