La fachada principal del edificio actual es de estiló barroco, exceptuando la puesta principal que conserva el gótico original. Sobre esto está un balcón estrecho de estilo renacentista agregado en el siglo XVI, que apoya las estatuas de las cuatro virtudes cardinales - fortaleza de ánimo, justicia, prudencia y templanza.
En el umbral están dos estatuas, una de San. Benedicto y la otra de San. Bernardo, Esto dispone una cierta ligereza al edificio, poniendo en contraste con la pesadez de la decoración barroca de las torres de la fachada y de la campana. La sensación que el visitante tiene de mirar el exterior es que el monasterio es una de una grandeza imponente, que ha sido gradualmente construido durante diferentes etapas artísticas y que contradice con los ideales y simplicidad de las reglas que marcaron su inicio de la orden del Cister.
En su interior están dispuestas tres altas naves, sin ninguna decoración simples y propias de la orden, en la cabecera se sitúa en transepto que da forma de cruz al conjunto para desembocar en el altar y las capillas que forma la girola.
A la derecha de la tumba está una capilla-altar que contiene un hermoso cuadro en terracota del siglo XVII hecho por los propios monjes de Alcobaça, donde se representa la muerte de San. Bernardo. En el lado contrario, esta el panteón real, construido en el siglo XVIII, donde se dispusieron las tumbas de reinas y de príncipes de la primera dinastía.
La gírola lo forma un elegante deambulatorio con nueve capillas. La décima de estas capillas es lo que ahora forma la entrada a la sacristía, que se alza a través de una hermosa puerta con una combinación de estilo renacentista y tallado en la piedra y atribuido al escultor Joao de Castilho. Reconstruida después del terremoto 1755, la sacristía termina en una capilla relicario de forma octagonal, conteniendo las reliquias del período barroco en Alcobaça.
A la izquierda de la nave lateral hay una puerta que conduce al hermoso jardín del claustro, que se encuentra rodeado por cuatro galerías apoyadas por arcos de estilo románico-gótico, cada uno de ellos de forma distinta.
Dentro de la primera galería del Claustro D. Dinis tiene la puerta de acceso a la sala capitular. Mas adelante esta una la sala utilizada por los monjes para hablar uno de los pocos cuartos en que se podía hacer, que conduce al dormitorio con forma medieval. A la izquierda se sitúa la cocina y el cuarto que conduce al refectorio. El refectorio destaca por la escalera medieval que conduce al púlpito, fue una solución arquitectónica innovadora para la época. El segundo piso del claustro fue ampliado durante el reinado de D. Manuel I en el siglo XVIII.
